Euphorisiert von diesem Erlebnis qualifizierte man sich in der Saison 2007/2008 für die neue Dritte Liga, in welcher man am Ende der Premierensaison mit Rang 18 einen Abstiegsplatz belegte. Da die Kickers Emden ihren Lizenzantrag zurückzogen, nahm der SV Wacker Burghausen in der Saison 2009/2010 dennoch an der Dritten Liga teil und erreichte einen respektablen 17. Platz.